دفتر بودجه و کنترل پروژه از جمله دفاتر تحت نظارت معاونت برنامه ریزی و توسعه بوده و از اهم وظایف این دفتر می توان به موارد ذیل اشاره کرد:
- همکاری در تعریف پروژهها و کمک در تنظیم گزارش امکانسنجی و ارائه شرح خدمات و فعالیتهای اصلی قراردادها با هماهنگی مجریان پروژه قبل از موافقتنامه و همچنین بودجهبندی اولیه پروژهها
- مشخص کردن هدفها و نحوه اجرای طرحها و پروژهها با همکاری مدیران پروژهها به منظور دستیابی به تحلیل صحیح و دقیقی از اهداف و ضرورت اجرای آن
- طرح برنامه کاری و زمانبندی شده دقیق و واقع بینانه پروژه با توجه به آثار ناشی از محدودیت منابع، امکانات و شرایط اجرایی و مسائل و مشکلات احتمالی پروژه
- هماهنگی و مشاوره با مدیران در جهت استفاده بهینه از منابع در اختیار پروژه، به منظور نیل به اهداف مورد نظر، تحت بهترین شرایط زمانی و هزینهای
- ایجاد ارتباط با کلیه مدیران پروژه جهت دریافت گزارشات پیشرفت کار
- ایجاد ارتباط با معاونت برنامهریزی جهت دریافت اطلاعات بودجه، هزینه و آمار نیروی انسانی پروژهها در واحدهای تابعه و معاونتها به منظور تبادل اطلاعات
- ارتباط با مدیران میانی سازمان به منظور نحوه بکارگیری مطلوب راهکارهای ارائه شده جهت بهبود بهرهوری
- نظارت بر تدوین نظام کیفیت و صحت اجرای ممیزی های داخلی، مهندسی مجدد
- نظرت بر طراحی فرایندها و روش های انجام امور در حوزه های مختلف سازمانی
- نظارت بر انجام کلیه امور مرتبط با بهبود کارائی سازمان
- نظارت بر طراحی و بازنگری در چارت سازمانی- ساختار سازمانی و ترکیب تخصص های مختلف نیروی انسانی
همچنین این دفتر با توجه به بهره گیری از مهندسین مجرب و کارآزموده در بررسی، ایجاد و ارتقاء امور سیستمی سازمان نیز سهم بسزایی را بعهده دارد.